คณะวิทยาศาสตร์ ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ.2534 ตามพระราชกฤษฎีกา จัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยอุบลราชธานีทบวงมหาวิทยาลัย พ.ศ.2534 พร้อมกับการจัดตั้งมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี แบ่งส่วนราชการตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี พ.ศ.2534 เป็น สำนักงานเลขานุการคณะวิทยาศาสตร์ และภาควิชาอีก 4 ภาควิชา คือ ภาควิชาฟิสิกส์ ภาควิชาคณิตศาสตร์ สถิติและคอมพิวเตอร์ภาควิชาเคมี ภาควิชาวิทยาศาสตร์ชีวภาพ ในปีการศึกษา 2548 โครงสร้างหน่วยงานของค